Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Zur Abklärung der Tätigkeiten der Nachrichtendienste, der Abwehr und der Vorbereitung von Notstandsmassnahmen setzte das Parlament 1990 im EMD eine zweite Parlamentarische Untersuchungskommission (PUK-II) ein. Das Ratsbüro hatte zuerst entsprechende Motionen der SP und der GP abgelehnt und beantragt, die mit weniger Kompetenzen ausgestattete Geschäftsprüfungskommission mit den Abklärungen zu beauftragen. Unter dem Eindruck neuer Enthüllungen namentlich über Datensammlungen im Militärdepartement änderte es jedoch seine Meinung und sprach sich ebenfalls für eine zweite Puk aus. Zu ihrem Präsidenten wurde Ständerat Carlo Schmid (cvp, Al) gewählt.

Le rapport de la commission, rendu public le 23 novembre, dénonça l'existence, au sein du DMF, de deux zones d'ombre créées en dehors de toute base légale et de tout contrôle politique institutionnel: l'organisation d'encadrement de la résistance, ou P-26, et le service de renseignements extraordinaire, ou P-27. Tous deux furent financés par des ressources provenant des rubriques de crédit du DMF et dotés de conseils consultatifs composés de parlementaires en activité ou à la retraite ainsi que d'indépendants (Groupe 426 pour la P-26 et Konrat pour le P-27). Le problème soulevé par la double appartenance à une assemblée populaire et à un organe secret fut illustré par les difficultés rencontrées par le député Stappung (ps, ZH) lorsqu'il avoua être membre du groupe 426.

La CEP II fut, par ailleurs, confrontée à l'existance de nombreux fichiers au sein du DMF, dont l'un des plus «délicats» était celui de la Section services de sécurité militaires (SSM). Composé d'un élément principal de près de 8'000 fiches et de deux collections de dossiers annexes moins conséquentes, il était principalement constitué d'informations sur des membres de l'armée ou des employés du DMF ayant fait l'objet d'un contrôle de sécurité. Cependant, des particuliers, des femmes (de l'ex-Service complémentaire féminin (SCF), aujourd'hui Service féminin de l'armée (SFA)) ainsi que des personnes sans lien avec l'armée ou le DMF furent également fichés. Selon la commission d'enquête, cette banque de données ayant été mise sur pied sans base légale claire et sans directives satisfaisantes, son maintien ne se justifie pas.

Lors des débats parlementaires sur ce rapport, toutes les propositions de la CEP II furent acceptées, comme elles le furent, auparavant, par le gouvernement. Ainsi en alla-t-il donc de l'initiative parlementaire demandant la création d'une délégation spéciale des deux Conseils chargée de contrôler les activités de l'administration liées aux renseignements et subordonnées au maintien du secret. En mars, la chambre basse avait transformé en postulat une motion Günter (adi, BE) (Mo 89.732) demandant une surveillance similaire (Signalons que le groupe radical a déposé une initiative parlementaire demandant la création d'une délégation à la sécurité chargée de surveiller les activités des organes de renseignement (Iv.pa. 90.233)). Ainsi en alla-t-il aussi de plusieurs motions exigeant des vérifications de sécurité dans le domaine militaire, l'examen des conventions de sauvegarde du secret et celui des relations de la P-26 avec l'étranger. Huit postulats furent également transmis, ayant trait notamment à la création d'un service de renseignement stratégique indépendant du DMF, à la suppression du cumul des fonctions de chef de la Police fédérale et de la Division sécurité, à l'interdiction, pour certaines divisions du DMF, de se livrer à des activités de surveillance en Suisse et à l'examen des relations réciproques des organes de contrôle. Au Conseil des Etats, le débat mit en évidence un clivage entre les radicaux, les démocrates du centre et les libéraux, minimisant la portée du rapport et justifiant ses découvertes les plus probantes par la guerre froide, les démocrates-chrétiens, ayant adopté une distance critique et les socialistes, indignés. Au Conseil national, où plus de cinquante orateurs prirent la parole, une scission semblable apparut entre la gauche et les écologistes qui, très sévères à l'égard de Kaspar Villiger, s'en prirent aux hauts fonctionnaires du DMF, et la droite qui réitéra son soutien au conseiller fédéral et souligna la responsabilité conjointe du gouvernement et du parlement.

Dans son avis sur le rapport de la CEP II, le Conseil fédéral insista sur la nécessité de tenir compte du contexte de l'époque ayant vu la création des organismes mentionnés, à savoir celui de la guerre froide. Il stipula par ailleurs que le parlement, depuis le rapport du groupe de travail Bachmann des commissions de gestion en 1981, devait avoir conscience des exigences contradictoires existant entre la sauvegarde du secret et le besoin d'un contrôle législatif. S'il reconnut qu'une activité de surveillance, à l'intérieur du pays, par le service de renseignements militaire était inadmissible, il nota néanmoins que le rapport de la CEP II ne confirmait pas l'hypothèse initiale d'un espionnage systématique de citoyens et d'organisations suisses. Par contre, il demeura emprunté quant à l'utilisation du «trésor de guerre» constitué par la P-26, s'élevant à CHF quelque six millions. Dans un premier temps, il envisagea de l'attribuer à la Croix-Rouge mais aucune suite concrète immédiate ne fut donnée à cette suggestion.