Im Oktober 2017 reichte die WAK-NR mit 15 zu 8 Stimmen eine parlamentarische Initiative ein, mit der sie eine Aufhebung der Verrechnungssteuer auf inländischen Obligationen und Geldmarktpapieren erreichen wollte. Alle an in der Schweiz steuerpflichtige natürliche Personen ausgerichtete Obligationen und Geldmarktpapiere – also nicht nur solche von Schweizer Emittenten –, die folglich keine AIA-Meldung an ausländische Staaten nach sich ziehen, sollen von der Verrechnungssteuer auf den Zinszahlungen befreit werden. Stattdessen soll für sie eine Sicherungssteuer erarbeitet werden, die kein Meldesystem beinhaltet und folglich mit dem Bankgeheimnis im Inland vereinbar ist. Juristische Personen in der Schweiz sowie ausländische Steuerpflichtige sollen jedoch nicht erfasst werden, da diese nicht vom steuerlichen Bankgeheimnis profitieren. Ihre Bankunterlagen seien somit unter anderem im Rahmen des AIA einfacher zu erhalten, daher sei keine Sicherungssteuer nötig. Die Ausnahme von ausländischen Steuerpflichtigen soll zudem verhindern, dass internationale Finanzmärkte einen Zuschlag für Schweizer Obligationen verlangen.
Konkret ging es also um einen Wechsel vom Schuldner- zum Zahlstellenprinzip, wie die WAK-NR in ihrer Medienmitteilung verdeutlichte. Zukünftig sollte nicht mehr der Schuldner, zum Beispiel eine Obligationen ausgebende Gesellschaft, die Verrechnungssteuer abziehen und an die ESTV überweisen, sondern die Banken, jedoch ohne der ESTV Meldung darüber zu erstatten. Letzteres sei denn auch der Hauptunterschied zur Revision des Verrechnungssteuergesetzes, in der eine freiwillige Meldung weiterhin möglich sein sollte. Eine Kommissionsminderheit befürwortete die Behandlung des Anliegens im Rahmen des Zahlstellenprinzips ebendieser Revision des Verrechnungssteuergesetzes und lehnte folglich die parlamentarische Initiative ab.
Die WAK-SR gab der Kommissionsinitiative im August 2018 mit 6 zu 4 Stimmen (bei 1 Enthaltung) Folge und lobte sie dafür, dass sie die Weiterentwicklung des Schweizer Kapitalmarktes ermögliche. In der Folge gab die WAK-NR bekannt, dass mit 16 zu 8 Stimmen entschieden habe, eine Subkommission einzusetzen und mit der Erarbeitung eines Vorentwurfs in Koordination mit den Arbeiten des Bundesrates zu betrauen.

Im Juni 2019 präsentierte die fünfköpfige Subkommission «Verrechnungssteuer» unter Leitung von Leo Müller (cvp, LU) erste Eckwerte ihres Vorschlags zum Wechsel vom Schuldner- zum Zahlstellenprinzip bei der Verrechnungssteuer. Mit 4 zu 1 Stimmen schlug sie vor, dass der Systemwechsel in- und ausländische sowie direkte und indirekte Zinsanlagen betreffen solle, nicht aber inländische juristische Personen, kollektive Kapitalanlagen sowie ausländische Anleger. Die Verrechnungssteuer solle bei 35 Prozent bleiben und ihre Erhebung möglichst laufend, die Ablieferung an die ESTV maximal vierteljährlich stattfinden. Die Ablieferung solle durch die Zahlstellen erfolgen, die dafür haftbar seien, aber gegenüber ihren Kunden über einen Regressanspruch verfügen und angemessen entschädigt werden sollten.
Die Subkommission veröffentlichte die Eckwerte ihres Vorschlags unter Zustimmung der WAK-NR, damit sich der Bundesrat, der an einem ähnlichen Projekt arbeitete, daran orientieren konnte. Die Kommission verwies jedoch darauf, dass sie diese Eckwerte noch nicht diskutiert habe und diese für sie entsprechend nicht bindend seien.

Im November 2020 beantragte die WAK-NR einstimmig eine Verlängerung der Ausarbeitungsfrist für ihre Vorlage zur Aufhebung der Verrechnungssteuer auf inländischen Obligationen und Geldmarktpapieren bis zur Wintersession 2022. Zwischen April und Juli 2020 habe eine Vernehmlassung zum Vorentwurf des Bunderates stattgefunden. Die Kommission plane momentan keine parallelen Arbeiten zum Projekt des Bundesrates, wolle sich aber durch Verlängerung der Frist die Möglichkeit aufrechterhalten, die Arbeiten daran wenn nötig weiterführen zu können, erklärte sie in einer Medienmitteilung. Stillschweigend stimmte der Nationalrat dieser Verlängerung zu.

Im August 2021 veröffentlichte die WAK-NR einen weiteren Kommissionsbericht zu ihrer parlamentarischen Initiative für eine Aufhebung der Verrechnungssteuer auf inländischen Obligationen und Geldmarktpapieren. Darin erläuterte sie die bisherigen Arbeiten, seitdem die Initiative im Jahr 2018 auch von ihrer Schwesterkommission angenommen worden war. Ziel der parlamentarischen Initiative sei es gewesen, das Anliegen einer Einführung des Zahlstellenprinzips vorwärts zu bringen, nachdem der Bundesrat sein Projekt dazu sistiert hatte, um das Ergebnis zur Volksinitiative «Ja zum Schutz der Privatsphäre» abzuwarten. Nachdem die Volksinitiative jedoch zurückgezogen worden war, hatte die Expertengruppe des Bundes im Oktober 2018 ihre Arbeit zum Vorentwurf wiederaufgenommen, woran sich auch eine Subkommission der WAK-NR mit eigenen Eckwerten beteiligt hatte. Da die Regierung im April 2021 ihre Botschaft für eine Revision des Verrechnungssteuergesetzes vorgelegt habe, könne die parlamentarische Initiative der Kommission nun abgeschrieben werden. Stillschweigend folgte der Nationalrat in der Herbstsession 2021 diesem Antrag auf Abschreibung.