Auch im Kanton Bern hatte die Zahl der Listen und Kandidierenden gegenüber den Wahlen 2007 erneut zugenommen. 545 Kandidierende auf insgesamt 28 Listen kämpften um die 26 Nationalratssitze, von denen drei frei wurden: Therese Frösch (gp), Simon Schenk (svp) und Pierre Triponez (fdp) hatten ihren Rücktritt eingereicht. Damit traten 31 Kandidierende mehr an als bei den Wahlen vier Jahre zuvor. Die vier zusätzlichen Listen im Vergleich zu 2007 waren unter anderem der BDP und der GLP aber auch der Piratenpartei geschuldet, die alle neu antraten. Die SVP trat neu nur noch mit einer Liste an, die SP dafür gleich mit drei (inkl. Juso und Secondas). Der Frauenanteil (33,9%) unter den Kandidierenden war im Vergleich zu 2007 rückläufig (35,8%). Die linken Kräfte (SP, GP, AL, PdA) und die Mitte (EVP, CVP, GLP, Tierpartei) gingen Listenverbindungen ein, während die SVP und die FDP anders als noch 2007 den Alleingang wählten. Eine bereits im März angeregte Verbindung zwischen SVP, BDP und FDP kam insbesondere aufgrund der Weigerung der BDP nicht zustande, die sich als frische Kraft im Alleingang profilieren wollte. Die Frage war insbesondere, ob die BDP, die nach der Abspaltung von der SVP zwei ursprüngliche SVP-Sitze innehatte, zusetzen konnte und ob dies auf Kosten der SVP geschehen würde. Die SP wollte zudem ihren Sitz, den sie aufgrund des Parteiaustrittes von Ricardo Lumengo verloren hatte, zurückerobern. Dieser selber hatte kurz vor den Wahlen noch die Sozio-liberale Partei gegründet, mit der er ebenfalls wieder antrat.

Tatsächlich war die BDP die grosse Gewinnerin im Kanton Bern: Sie verbuchte auf Anhieb 14,9% Wähleranteil. Damit konnte sie nicht nur die beiden bisherigen Sitze halten, sondern zwei weitere dazugewinnen: neu schickte die BDP Urs Gasche und Lorenz Hess ins Bundeshaus. Darüber hinaus wurde sie auf Anhieb drittstärkste Partei. Die Gewinne gingen allerdings wider Erwarten nicht gänzlich auf Kosten der SVP, sondern auch der CVP und der FDP. Die SVP verlor lediglich 4,6 Prozentpunkte und wusste neu 29% der Berner Wählerschaft hinter sich. Damit konnten die acht Sitze, die seit der Trennung mit der BDP noch im Besitz der Berner SVP waren, gehalten werden. In den Nationalrat gewählt wurden neben dem Ständerat Adrian Amstutz, der die meisten Stimmen im Kanton erhielt (126'279), neu auch Albert Rösti und Nadja Pieren. Abgewählt wurden hingegen Jean-Pierre Graber und Thomas Fuchs, der erst Anfang Berichtjahr für Amstutz nachgerutscht war. Mit der Abwahl von Graber war der Berner Jura zum ersten Mal seit 1848 nicht mehr in Bern vertreten. Zu den Siegern gehörte die in Bern zum ersten Mal antretende GLP, die 5,3% der Wählerschaft und zwei Sitze gewinnen konnte. Vertreten wird die Berner GLP durch die neu gewählten Kathrin Bertschy und Jürg Grossen. Die Sitzgewinne von BDP und GLP gingen vor allem auf Kosten der bürgerlichen Parteien. Die CVP, die ihren Wähleranteil von 4,7% auf 2,1% halbiert sah, verlor ihren Sitz: Abgewählt wurde Norbert Hochreutener. Die FDP, die ebenfalls einen starken Rückgang ihrer Wählerinnen und Wähler verzeichnen musste (-6,4 Prozentpunkte, neu: 8,7%) büsste zwei ihrer vier Sitze ein. Neben dem zurückgetretenen Triponez wurde Peter Flück abgewählt. Die EDU schliesslich verlor ihren einzigen von Andreas Brönnimann gehaltenen Sitz ebenfalls, obwohl die Wählerverluste vergleichsweise moderat ausfielen (-0,5 Prozentpunkte, neu: 3,1%). Ihren Sitz halten konnte hingegen die EVP mit 4,2% Wähleranteil (-1,2 Prozentpunkte). Auch im links-grünen Lager mussten Verluste an Wählerstimmen in Kauf genommen werden, die sich allerdings nicht in Sitzverlusten manifestierten. Die SP, die mit 19,3% Wähleranteil (-1,9 Prozentunkte) zweite Kraft blieb, konnte den Sitz des abgewählten Ricardo Lumengo zurückerobern und hielt ihre insgesamt sechs Sitze. Für den im zweiten Wahlgang in den Ständerat gewählten Hans Stöckli rutschte der Berner Stadtpräsident Alexander Tschäppät nach. Auch Matthias Aebischer gehörte zu den neuen Gesichtern in der SP-Fraktion. Die Grünen konnten ihre drei Sitze ebenfalls halten, obwohl auch sie im Vergleich zu 2007 Federn lassen mussten (-3,5 Prozentpunkte, neu: 9,4%). Für die zurückgetretene Therese Frösch wurde Regula Rytz gewählt. Die GP und die SP profitierten dabei von ihrer Listenverbindung: gleich zwei Restmandate fielen den beiden Parteien zu. Bern gehörte zu einem der wenigen Kantone, in dem der Frauenanteil unter den Abgeordneten zunahm, nämlich von 30,8% auf 42,3%. Die Stimmbeteiligung war ebenfalls höher als noch 2007 und lag bei 50,4% (2007: 46,4).

In einem Positionspapier zur Geschlechterfrage („Geschlechterdemokratie im 21. Jahrhundert“), das unter der Leitung von Nationalrätin Therese Frösch (BE) verfasst wurde, wurde eine offene Diskussion der Knabenbeschneidung verlangt, was in jüdischen Kreisen Befremden auslöste. An der Delegiertenversammlung wurde das Papier zurückgewiesen. Man sei nicht gegen Gleichstellung, das Papier sei aber zu unausgegoren.

Im Februar trat Nationalrätin Therese Frösch (BE) als Präsidentin der Bundeshausfraktion der Grünen zurück. Zu ihrer Nachfolgerin wurde Maya Graf (BL) gewählt, die zu den amtsältesten grünen Parlamentsmitgliedern gehört.

Am 12. Dezember trat die Vereinigte Bundesversammlung zur Wahl des Bundesrates für die neue Legislaturperiode zusammen. Am zahlenmässigen Kräfteverhältnis zwischen den Blöcken hatte sich im neuen Parlament gegenüber demjenigen von 2003 wenig geändert. Trotz der Sitzgewinne der SVP im Nationalrat verfügten diejenigen Parteien, die 2003 Blocher gegen die CVP-Bundesrätin Metzler unterstützt hatten (SVP, FDP, LP und kleine Rechtsparteien), über drei Sitze weniger als 2003 und blieben mit 118 Sitzen deutlich unter dem absoluten Mehr von 123. Noch nicht klar war, wie sich die CVP verhalten würde, nachdem ihr Präsident Darbellay (VS) in den Medien mit seiner eigenen Kandidatur gegen Blocher kokettiert hatte. Am Tag vor der Wahl wurde er dann von seiner Fraktion zurückgepfiffen, welche mehrheitlich beschloss, nicht mit einem eigenen Kandidaten anzutreten, aber auch Blocher nicht zu unterstützen. Die meisten professionellen Beobachter rechneten nicht damit, dass es wie 2003 zur Nichtwiederwahl eines Amtsinhabers kommen würde, wobei allerdings für viele offen war, ob es Blocher bereits im 1. Wahlgang schaffen würde.

Obwohl alle bisherigen Bundesräte wieder kandidierten, beantragte einzig die FDP-Fraktion, sie alle in ihrem Amt zu belassen. Die SVP empfahl nur ihre beiden eigenen Vertreter Christoph Blocher und Samuel Schmid sowie die FDP-Bundesräte Pascal Couchepin und Hans-Rudolf Merz zur Wahl. Die SP und die CVP/EVP/GLP-Fraktion sprachen sich für alle Bisherigen mit Ausnahme von Blocher aus, und die Grünen unterstützten in ihrem schriftlichen Antrag nur die beiden SP-Bundesräte Micheline Calmy-Rey und Moritz Leuenberger und präsentierten den grünen Ständerat Luc Recordon (VD) als Kandidaten. Nachdem die Sprecher der SP und der CVP dargelegt hatten, dass sie der SVP ihren zweiten Sitz nicht streitig machen wollten, darauf aber nicht mehr Blocher sehen möchten, trat Zisyadis (pda, VD) ans Rednerpult und schlug die Bündner SVP-Regierungsrätin Eveline Widmer-Schlumpf zur Wahl vor. In den Medien war Widmer-Schlumpf zusammen mit Nationalrat Zuppiger (svp, ZH) als mögliche Alternative für Blocher bereits in der Berichterstattung über die CVP-Fraktionssitzung erwähnt worden. Baader (svp, BL) als Fraktionssprecher appellierte anschliessend an die CVP, Blocher zu wählen und sicherte zu, dass in diesem Fall entgegen ihrem schriftlichen Antrag die SVP auch Doris Leuthard (cvp) unterstützen würde.

Anschliessend schritt das Parlament zur Besetzung der Bundesratssitze in der Reihenfolge der Amtsdauer der bisherigen Inhaber. Zuerst wurde Leuenberger mit 157 Stimmen gewählt, dann Couchepin mit 205, Schmid mit 201 und Calmy-Rey mit 153. Vor der Besetzung des Sitzes von Blocher meldete sich Baader nochmals zu Wort und legte dar, dass Blocher in den letzten vier Jahren „einen Leistungsausweis erbracht (habe) wie kaum ein anderes Regierungsmitglied“. Frösch (BE) zog im Namen der Grünen die Kandidatur Recordons „zugunsten einer aussichtsreicheren Kandidatur“ zurück. Im ersten Wahlgang erzielte Widmer-Schlumpf mit 116 Stimmen das bessere Resultat als Blocher mit 111. Das absolute Mehr von 120 verfehlte sie aber; sechs Stimmzettel waren leer, zwei ungültig und elf entfielen auf andere Namen. Im zweiten Wahlgang entfielen nur noch zwei Stimmen auf Diverse, vier blieben leer und keiner war ungültig. Das absolute Mehr stieg damit auf 122. Widmer-Schlumpf übertraf es mit 125, Blocher kam nur auf 115 und verlor damit seinen Sitz. Nachdem ein Ordnungsantrag der SVP auf Verschiebung der weiteren Wahlen abgelehnt worden war, bestätigte die Bundesversammlung Merz und Leuthard mit 213 resp. 160 Stimmen in ihren Ämtern.

Trotz Bedenken stimmten beide Parlamentskammern beim Voranschlag 2007 einer weiteren Kürzung der Subventionen für den Denkmalschutz zu. Dieses Jahr begründete der Bundesrat diese Massnahme mit den für die Filmförderung sowie für das Verkehrshaus der Schweiz gesprochenen Geldern, die im Bundesamt für Kultur (BAK) eingespart werden müssten. Statt mit seinem ursprünglich 33 Mio Fr. betragenden Budget muss der Denkmalschutz nun mit rund CHF 22 Mio. auskommen; CHF 10 Mio. wurden in die Filmförderung verschoben, CHF 1 Mio. ins Verkehrshaus. Im Nationalrat stellte Frösch (gp, BE) den Antrag, die Gelder für die Denkmalpflege zumindest wieder auf 28 Mio Fr. zu erhöhen: Es handle sich um unersetzliches Kulturgut, das für die Nachkommenschaft erhalten werden müsse. Gegen die Fraktionen von CVP, FDP und SVP hatte der Antrag aber keine Chance und wurde mit 94 zu 72 Stimmen abgelehnt. Im Ständerat wurde ebenfalls moniert, der Bund behalte sich nach wie vor ein Mitspracherecht in der Denkmalpflege vor, ziehe sich aber aus der finanziellen Verantwortung zunehmend zurück; ein Antrag gegen die Kürzung wurde aber nicht gestellt.

Zu Beginn der Wintersession übernahm die Berner Nationalrätin Therese Frösch das Fraktionspräsidium der Grünen. Die 2003 ins Parlament gewählte frühere Stadtberner Gemeinderätin (Exekutive) löste die Luzerner Nationalrätin Cécile Bühlmann ab, welche die Bundeshausfraktion zwölf Jahre lang geleitet hatte und im Frühjahr 2006 auch aus dem Nationalrat ausscheiden wird. Neue Vizefraktionschefin wurde Anne-Catherine Menétrey-Savary (VD) an Stelle von Pia Hollenstein (SG). Das Nationalratspräsidium, das die Grünen nach bald zwanzigjähriger Präsenz in der Bundesversammlung anstrebten, wurde ihnen in der Wintersession verwehrt.

Mit einem „Sozialpolitischen Manifest aus grüner und urbaner Sicht“ wollten die vier grünen städtischen Sozialvorsteher Therese Frösch (Bern), Ruedi Meier (Luzern), Thomas Feurer (Schaffhausen) und Monika Stocker (Zürich) die Diskussion um die Lösung der sozialpolitischen Probleme neu anstossen. In den Städten sei der Druck am grössten und der Handlungsbedarf am dringlichsten. Als Grundlage für das Zusammenleben forderten sie Integration statt Sozialhilfe und Renten sowie mehr Sicherheit und Lebensqualität im Alter.