Obschon Bundesrat Merz das Parlament um einen klaren Richtungsentscheid in der Frage der Familienbesteuerung und eines allfälligen Wechsels hin zur Individualbesteuerung gebeten hatte, überwiesen die Räte bis im Herbst mehrere sich teilweise widersprechende Motionen: Während die FDP-Fraktion die Einführung der Individualbesteuerung verlangte, forderten die Christlichdemokraten eine Gleichstellung der Ehepaare unabhängig vom System (Mo. 04.3380). Donzé (evp, BE) (Mo. 04.3263) schlug zur Aufhebung der Diskriminierung von Ehepaaren gegenüber Konkubinatspaaren die Prüfung eines Vollsplittings und die Einführung eines Kinderabzuges vom Steuerbetrag vor. Ein Begehren der SP (Mo. 03.3616), welches pro Kind ebenfalls einen Abzug nicht vom steuerbaren Einkommen, sondern vom Steuerbetrag sowie die Einführung der Individualbesteuerung ohne Zwischenstufe des Splittings vorsah, wurde vom Nationalrat hingegen abgelehnt, ebenso wie die in der CVP-Motion enthaltene Forderung nach einer Entlastung der Familien. Auf Zustimmung stiess jedoch eine Motion Meier-Schatz (cvp, SG) (Mo. 04.3632), welche den Kantonen die Wiedereinführung des vor wenigen Jahren gestrichenen Ausbildungsabzugs ermöglicht. Der Ständerat überwies einen Vorstoss seiner WAK (Mo. 05.3464), welcher Sofortmassnahmen zur Reduktion der Diskriminierung bei der Ehegattenbesteuerung verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Wicki (cvp, LU) verschliesse sich die Finanzdirektorenkonferenz der Diskussion um den Systemwechsel nicht, doch hege sie aufgrund der befürchteten Steuerausfälle Vorbehalte gegenüber der Individualbesteuerung. Zudem brauche der Systemwechsel Zeit; die Kantone rechneten für die nötige Gesetzesänderung und die Umsetzung der Verwaltungspraxis mit einer Frist von bis zu zehn Jahren.

Mit seiner Botschaft zur Volksinitiative «Für eine zivilstandsunabhängige Individualbesteuerung (Steuergerechtigkeits-Initiative)» und dem indirekten Gegenvorschlag beantragte der Bundesrat die Abschreibung der Motion der FDP, die einen Übergang zur Individualbesteuerung forderte. Sowohl der Nationalrat als auch der Ständerat folgten diesem Antrag und beschlossen im Rahmen ihrer Beratungen zur Individualbesteuerung die Abschreibung der Motion.